Физтех в лицах  
 Наша база - ИБХ !
Наша база - ИБХ !Лаборатории кафедры

  Фото  
 
 
   
 
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
Лаборатории кафедры

     Cтатья находится помещена сюда для тестирования и доработки, после (возможно) будет размещена на сайте ФМБФ предложния и замечания высылайте плз на siobc@fizteh.ru

Мы постараемся приложить все усилия, чтобы собрать побольше информации к 30 марта 2007 года (день экскурсии для студентов на нашу кафедру).

СЛЕДИТЕ ЗА НОВОСТЯМИ!

     После третьего курса студентам ФМБФ предстоит выбрать не только базовую кафедру, но и лабораторию, в стенах которой предстоит написать диплом. На четвёртом курсе диплом бакалавра, на пятом и шестом диплом магистра. Как к выбору кафедры, так и к выбору лаборатории и научного руководителя следует подойти серьёзно. Надо не только расспросить старшекурсников, но и самому съездить на базы, посетить интересующие вас лаборатории, тогда можно ориентироваться в темах исследований, в методах, используемых в лабораториях, представлять себе уровень жизни лабораторий и уровень исследований, проводящихся в них.

     Можно также поработать в лаборатории в свободное время, например, летом. Только так вы сможете понять методы, используемые в лаборатории, специфику работы, познакомитесь с сотрудниками лаборатории, со студентами и студентками из других вузов (студенты биофака МГУ, например, посещают, таким образом, лаборатории уже начиная со второго курса). Но увлекаться тоже не следует – летом надо и отдохнуть, чтобы начать новый учебный год бодрым и здоровым.

     Но прежде всего, надо определиться со своими желаниями, понять чего ты хочёшь, какой режим работы ты бы хотел иметь,что тебе интересно в науке, в жизни, какого человека ты хочешь видеть своим шефом, и т.п. Надо иметь в виду, что, посещая лаборатории, взгляды и интересы могут измениться, например, неприязнь к паукам, замороженным в жидком азоте, станет несущественной на фоне решаемых задач, или безумная любовь к физике уступит неисследованным просторам в биологии.

     В ИБХ каждый найдет себе задачу по душе. Недаром говорят, что ИБХ – флагман российской биологической науки, наши лаборатории охватывают практически весь спектр исследований. И мы постараемся рассказать о лабораториях ИБХ. Заметим, что нам удалось расспросить некоторых студентов о том, как им живётся в лаборатории и на кафедре, поэтому, как только вместо сухого краткого списка телефонов про одни лаборатории вы найдёте подробное и живое описание других – знайте этот рассказ от первого лица.

Итак, вот некоторые из них:

1.  Отдел "Учебно-научный центр"

          Руководитель отдела:  Овчинникова Татьяна Владимировна, тел. 336-44-44

Заместитель заведующего кафедрой физико-химической биологии и биотехнологии

      Ведущий научный сотрудник УНЦ ИБХ, доцент Барсуков Леонид Иванович, тел.335-66-22 , libar@ibch.ru

2.  Лаборатория структурной биологии

                    http://www.nmr.ru

          Заведующий лабораторией: д.х.н., профессор Арсеньев Александр Сергеевич, тел. 330-59-29

    Также Александр Сергеевич является заведующим нашей кафедры "ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ" и читает лекции по ЯМР в весеннем семестре 5 курса.

Лаборатория подразделяется на несколько групп: ЯМР, молекулярного моделирования, оптических методов исследования, масс-спектрометрии. Именно в этой лаборатории больше всего физтехов.

  • Группа ядерного магнитного резонанса

                              http://www.nmr.ru

                Руководитель группы: Арсеньев Александр Сергеевич 

Структура и механизмы действия калиевых ионных каналов

    Цель: исследование структуры поровых доменов калиевых каналов из клеток бактерий и млекопитающих методом ЯМР в средах, моделирующих биологическую мембрану. В ходе работы предполагается определить пространственную структуру поровых доменов для нескольких калиевых каналов, механизмы активации и инактивации каналов, предполагается изучить структуры комплексов канальных белков с ингибирующими их токсинами, также планируется исследовать методом ЯМР динамическое поведение молекул, образующих канал.

Структура и механизмы активации сенсорныхдоменов потенциал зависимых калиевых ионных каналов

    Цель: исследование структуры сенсорных доменов потенциалзависимых калиевых каналов из клеток бактерий и млекопитающих методом ЯМР в средах, моделирующих биологическую мембрану. В ходе работы предполагается определить пространственную структуру сенсорных доменов для нескольких потенциалзависимых калиевых каналов, а так же детально исследовать топологию размещения спиралей, образующих эти домены в модельных мембранных системах. В ходе проекта предполагается выявить влияние окружения (тип липида, его заряд) на структуру и топологию сенсорных доменов и,таким образом, получить данные о возможных механизмах активации потенциалзависимых калиевых каналов.

Структура трансмембранных пептидов -- фрагментов сенсорных киназ. Возможная роль димеризации и взаимодействия спираль - спираль в активации и проведении сигналов.

    Цель: исследование структуры димеризующихся трансмембранных спиральных доменов сенсорных киназ млекопитающих методом ЯМР в средах, моделирующих биологическую мембрану. В ходе работы предполагается определить пространственную структуру для димеров трансмембранных доменов нескольких сенсорных киназ, возможно вовлечённых в передачу сигналов при возникновении некроза и апоптоза клетки. В ходе проекта предполагается выявить структурные мотивы, ответственные за взаимодействие между трансмембраными спиральными доменами этих белков.

Структура и механизмы действия антимикробных пептидов бактерий, грибов, растений и животных.

    Цель: исследование структуры и топологии расположения в модельной мембране различных антимикробных пептидов бактерий, грибов, растений и животных. В ходе работы особое внимание будет уделено исследованию механизмов олигомеризации антимикробных пептидов в мембранном окружении и образованию комплексов с ионами.

Структура мембранных белков семейства G - PCR

    В ходе исследования предполагается получить спектры ЯМР для нескольких мембранных белков семейства G - PCR, и рассчитать структуры этих молекул.

    Все исследования включают в себя как экспериентальную часть (подбор условий для солюбилизации белков в детергентах, получение спектров на ЯМР спектрометре и их анализ), так и расчётную часть, посвящённую реконструкции белков по полученным данным 

  • Группа молекулярного моделирования

                           http://www.model.nmr.ru

                Руководитель группы: Ефремов Роман Гербертович, тел. 336-20-00, efremov@nmr.ru

Исследование взаимодействий "структура - динамика - функция" для мембраноактивных пептидов с помощью методов молекулярного моделирования. 

    Тема включает в себя компьютерное моделирование взаимодействий пептидов с липидными бислоями и мицеллами детергентов методами молекулярной динамики и Монте-Карло; выявление молекулярных механизмов действия пептидов на биомембраны; de novo дизайн биологически активных пептидов, способы взаимодействовать с мембранами клеток.

Исследование белок - белковых взаимодействий в биомембранах методами молекулярного моделирования.

    Тема включает в себя исследование олигомеризации мембранных белков методом Монте-Карло в неявно заданной мембране, предсказание структуры комплекса; разработка мутаций, влияющих на олигомеризацию; исследование димеризации белков методом молекулярной динамики; исследование стабильности димеров мембранных белков; выявление фрагментов белка, определяющих связывание; анализ влияния белка на свойства мембраны; применение методов молекулярного моделирования для уточнения ЯМР структуры димеров мембранных белков. 

Моделирование G - белок сопряжённых рецепторов.

    Тема включает в себя работу с базами данных; построение выравниваний аминокислотных последовательностей; моделирование по гомологии; оценку "качества" упаковки полипептидной цепи трансмембранных доменов рецепторов и их оптимизацию; моделирование взаимодействий рецептор-лиганд.

Разработка новых подходов к решению задач молекулярного докинга "белок - лиганд".

    Тема включает в себя докинг лигандов в различные макромолекулярные мишени (3D-структуры глобулярных и мембранных белков); изучение гидрофобных взаимодействий белок-лиганд в активном сайте; оптимизация стандартных протоколов докинга путём учёта конформационной подвижности мишени (молекулярная динамика) и определения оптимального соотвествия гидрофобных/гидрофильных свойств лиганда и сайта его связывания.

  • Группа оптических методов иследования

                Руководитель группы: Феофанов Алексей Валерьевич, тел. 336-64-55

Структура и механизмы действия антимикробных пептидов из яда насекомых и их синтетических производных.

   Работа по проекту включает в себя: ведение клеточных культур (прокариот и эукариот), работу с клетками крови; измерение антимикробной, гемолитической и цитотоксической активности новых синтетических пептидов; изучение взаимосвязей между структурой пептидов, активностью и механизмами их действия методами оптической спектроскопии на молекулярном и клеточном уровне. Физико-химические методы, используемые в исследованиях: круговой дихроизм, флуоресцентная спектроскопия, инфракрасная спектроскопия и спектроскопия комбинационного рассеяния; флуоресцентная микроскопия, лазерная сканирующая конфокальная микроскопия и микроспектроскопия.

Разработка трасмембранных пептидов, способных ингибировать димеризацию и активацию рецепторов, обладающих тирозинкиназной активностью (EphA1, EphA2, EGFR4).

    Работа по проекту включает в себя: ведение клеточных структур (эукариоты); генно-инженерные работы по созданию плазмид для экспрессии функционально-активных рецепторов в клетках эукариот (в том числе и GFP-меченных), плазмид для наработки в бактериях субстратов к этим рецепторам; наработка и выделение петидов-субстратов к рецепторам; изучение способности к димеризации трансмембранных фрагментов в модельных ситемах и в мембране клетки; изучение роли димеризации в функциональной активности рецепторов, обладающих тирозинкиназной активностью; исследование возможности ингибирования димеризации и активации рецепторов с помощью их трансмембранных фрагментов на клеточных линиях со сверхэкспрессией рецепторов данного типа. Физико-химические спектральные методы, используемые в исследованиях:  круговой дихроизм, флуоресцентная спектроскопия, ИК спектроскопия и спектроскопия комбинационного рассеяния; флуоресцентная микроскопия, лазерная сканирующая конфокальная микроскопия и микроспектроскопия.

Экспрессия и рефолдинг мембранных белков семейства G - PCR.

     Исследования включают в себя полный цикл работ методами генетической и белковой инженерии по экспрессии и рефолдингу в модельных системах мембранных белков семейства G-PCR для последующего изучения их структуры методом ЯМР.

  • Группа масс-спектрометрии

                Руководитель группы:   Франкевич Владимир Евгеньевич, тел. 335-27-33 (доб. 426)

     Группа проводит исследования в области протеомики с использованием самых современных масс-спектрометрических методик. Исследование пептидов и белков методами масс-спектрометрии, протеомный анализ, методы фрагментации биомолекул; высокоэффективная идентификация пептидов и белков с использованием  различных баз данных, информационная протеомика; разработка новых и совершенствование существующих методов хроматомасс-спектрометрии.

3.  Группа атомно-силовой и электронной микроскопии

            Заведующий лабораторией: Дёмин Виктор Васильевич 

336-19-88 (Клинов Дмитрий Владимирович), klinov@ibch.ru  

      Основной тематикой является разработка экспериментальных подходов в бионанотехнологии.

      Предлагаемые тематики научных работ:

  • Исследование структуры биополимеров при помощи сканирующей зондовой микроскопии, на примере ДНК и ДНК-подобных молекул.
  • Исследование процессов самоорганизации бионаноструктур на примере полиглициновых тектомеров.
  • Разработка наносенсоров и биочипов на основе тонких плёнок биополимеров (исследование механических свойств тонких плёнок, сформированных из биополимеров).
  • Разработка экспериментальной методологии для исследования специфических взаимодействий биополимеров при помощи силовой спектроскопии.

4.  Лаборатория структуры и функций генов человека

                                   http://humgen.siobc.ras.ru

          Заведующий лабораторией: академик РАН Свердлов Евгений Давидович, тел. 330-65-38 (Монастырская Галина Сергеевна)

    Структурный и функциональный анализ мРНК, картирование метилированного участка хромосомы l9 человека, разработка технологий и их применение к хромосомам нормальных и раковых клеток, синтез модифицированных олигонуклеотидов и их использование в биомедицинских исследованиях, эндогенные ретровирусные последовательности и их влияние на функционирование и эволюцию генома человека.

5.  Лаборатория химии протеолитических ферментов

                                    http://enz.siobc.ras.ru     (не работает :-( )

          Заведующий лабораторией: профессор Румш Лев Давидович, тел.336-28-11

    АТФ-зависимые протеазы, энтеропептидаза, химерные белки, молекулярное моделирование (методом Монте-Карло) и др. Одна из ветвей исследований лаборатории – это изучение молекулярных механизмов ферментативных реакций, то есть механизма движения атомов в активном центре фермента. В лаборатории есть две группы: экспериментальная и теоретическая, в которых делают и тестируют на активность мутантные белки и, соответственно, сверяют эти данные с предсказанными с помощью моделей. Таким образом используются все возможные методы клонирования ДНК, экспрессии гена, очистки белков и так же вычислительные, методы анализа структур и т.п.
   Лев Давыдович и сотрудники лаборатории в весеннем семестре 4 курса читают студентам МФТИ курс лекций “Ферменты”.       

6.  Лаборатория биотехнологии

                                    http://www.ibch.ru/biotech/rus

          Заведующий лабораторией: академик РАН Мирошников Анатолий Иванович, тел.330-59-38

    Достаточно широкий спектр работ, с ДНК, с белками, а также с другими объектами. Исследуются интеиновые системы и возможное их применение с целью облегчения получения белков или пептидов (более дешевое и с большим выходом). Получение лекарственных препаратов биотехнологическими методами. Требования к студентам предъявляются строгие: это касается как посещения, так и работы в целом.

7.  Лаборатория рецепции нейропептидов

                                    http://www.ibch.ru/neuropeptide/

          Заведующий лабораторией: профессор Цетлин Виктор Ионович, тел.335-57-33

Исследование взаимодействий нейротоксинов с рецепторами, структурные исследования токсинов и рецепторов, исследование их активности. Методы клонирования ДНК, экспрессии гена, очистки белков.

8.   Лаборатория химии углеводов

                                     http://carb.ibch.ru

          Заведующий лабораторией: профессор Бовин Николай Владимирович, тел.330-71-38

    Синтез олигосахаридов, углевод-белковые взаимодействия, углевод- углеводные взаимодействия, объяснение структуры углеродных цепей гликопротеинов, поиск и изучение углеводных рецепторов человека, иммунный ответ углеводных антигенов и др.
    Николай Владимирович читает студентам в весеннем семестре 4 курса лекции по курсу “Химия углеводов”.

9.  Лаборатория молекулярной биоинженерии

                                     http://molbio.siobc.ras.ru

          Заведующий лабораторией: профессор Месянжинов Вадим Викторович, тел.336-60-22

    Многие физтехи писали дипломы в его лаборатории, некоторые работают за рубежом. В стенах лаборатории можно пройти путь от гена кодирующего аминокислотную последовательность белка до рентгено-структурного анализа этого белка. Соответственно и используемые в лаборатории  методы заполняют каждую ступень от работы с ДНК, через экспрессию гена, очистку белка, кристаллизацию и до обретения структуры. Главный объект исследования – бактериофаг Т4.

10.  Группа инженерии белка

                                     http://www.nmr.ru/peg

          Заведующий лабораторией: академик РАН Кирпичников Михаил Петрович

336-80-11 (Долгих Дмитрий Александрович)
335-23-11 (Шульга Алексей Анатольевич)
330-69-83 (Шингарова Людмила Николаевна)

    Основные объекты исследования: нейротоксины и цитотоксины из яда змей, никотиновый ацетилхолиновый рецептор, цитохром С, белок de novo альбебетин, энтеропептидаза, барстар/барназа, человеческий фактор роста, интерликин-13, а также много чего ещё. В основном лаборатория занимается биотехнологическими задачами получения белков в Escherichia Coli для последующих структурных и физико-химических, а также биологических исследований, для разработки новых лекарственных препаратов на основе этих исследований.

11.  Лаборатория молекулярной иммунологии

          Заведующий лабораторией: профессор Деев Сергей Михайлович, тел. 330-63-92-30.

    В лаборатории молекулярной иммунологии занимаются разработкой различных генно-инженерных конструкций на основе ротивораковых антител и компонентов модуля барназа-барстар. Барназа и барстар образуют оочень прочный комплекс (Кдис~10-14М), что позволяет использовать эти белки для создания мультивалентных молекул, а также для разработки новой системы доставки диагностических и терапевтических агентов к злокачественным новообразованиям. Лаборатория имеет все (или почти все) необходимое оборудование для генно-инженерных, белковых и клеточных исследований с помощью современных методов (клонирования ДНК, ПЦР, выделения белков, работы с клеточными культурами, иммунизация кроликов). Налажена совместная работа с Онкологическим Научным центром (ОНЦ им. Блохина), институтом биохимии им. Баха, институтом молекулярной биологии им. Энгельгарда. Молодой, энергичный и дружный  коллектив приглашает физтехов для борьбы с наиболее актуальной проблемой человечества – раком.

  •   Группа клеточных взаимодействий

                Руководитель группы: ст. научный сотр. Сапожников Александр Михайлович, тел.330-40-11

    К приоритетным направлениям исследований группы клеточных взаимодействий относятся: эндогенные регуляторы иммунного ответа: механизмы иммуномодулирующего действия ганглиозидов и белков теплового шока; пептидная иммунотерапия: супрессия патологического иммунного ответа пептидами - аналогами иммунодоминантных эпитопов антигенов; механизмы распознавания клеток-мишеней естественными киллерами; тестирование биологической активности новых препаратов.

    Исследуются процессы взаимодействия и функционирования клеток иммунной системы. Много разных методов клеточной биологии и иммунологии. Также нужно отметить, что в нашей лаборатории дружный коллектив.

Основные методы: цитофлуориметрия; электрофорез; хроматография; все, что связано с ведением клеточных культур; стандартные методы выделения и анализа клеток иммунной системы лабораторных животных.

12.  Лаборатория химии липидов

                                      http://www.ibch.ru/lipids/

          Заведующий лабораторией: профессор Молотковский Юлиан Георгиевич, тел. 330-66-01 

    Синтез флуоресцентных и фотоафинных липидных зондов и их использование в исследовании мембран, синтез противовирусных липидных соединений, синтез и целевая доставка противоопухолевых соединений, исследование сфинголипидов опухолевых тканей и их влияния на патологический рост клеток.

13.  Лаборатория молекулярных технологий для биологии и медицины

                                      http://www.ibch.ru/lgr

           Заведующий лабораторией: профессор Лукьянов Сергей Анатольевич, тел. 429-80-20

    Флуоресцирующие и окрашенные белки Anthozoa species, дифференцировка клеток коры головного мозга, разработка технологий для поиска генов, структурного и функционального анализа.

14.  Лаборатория оксилипинов

                                      http://roxylipin.ibch.ru

          Заведующий лабораторией: профессор Безуглов Владимир Виленович, тел. 330-65-92

     Синтез природных и модифицированных оксилипинов и родственных соединений и изучение их биоэффекторных функций с целью познания механизмов регуляции биохимических процессов, контролируемых оксилипинами, и создания новых биорегуляторов липидной природы.
    Владимир Виленович читает в весеннем семестре 4 курса интереснейший курс по биоэффекторным липидам.

 

 

15.   Лаборатория белков гормональной регуляции

          Заведующий лабораторией: член-корреспондент РАН Липкин Валерий Михайлович, тел. 336-61-66

    В.М. Липкин тесно сотрудничает с УНЦ, нередко является председателем на ГЭК.

16.  Лаборатория химии пептидов 

          Заведующий лабораторией: академик РАН Иванов Вадим Тихонович, тел. 336-61-66 (Михалева Инесса Ивановна)

    Вадим Тихонович также является директором ИБХ и в осеннем семестре 4 курса читает студентам МФТИ и МГУ лекции по химии пептидов и белков, проводит семинары.

17.  Лаборатория полимеров для биологии

          Заведующий лабораторией: профессор Зубов Виталий Павлович, тел.335-10-11

18.  Лаборатория нейрорецепторов и нейрорегуляторов

          Заведующий лабораторией: член-корр. РАН Гришин Евгений Васильевич, тел. 336-65-40 (Плужников Кирилл Андреевич)

19.  Лаборатория рентгеноструктурного анализа

                                     http://www.ibch.ru/x-ray/   (текст на английском)

          Заведующий лабораторией: профессор Плетнев Владимир Захарович, тел. 330-75-10 (Цыганник Игорь Николаевич)

20.  Лаборатория иммунохимии

          Заведующий лабораторией: профессор Несмеянов Владимир Андреевич, тел.335-35-33

21.  Лаборатория биоинженерии генов

          Заведующий лабораторией: профессор Ефимов Владимир Алексеевич, тел. 336-59-11

22.  Лаборатория структурной биохимии

          Заведующий лабораторией: академик РАН Богданов Алексей Алексеевич, тел. 330-66-47 (Зацепина Ольга Владимировна)

23.  Группа мембранных биоэнергетических систем

          Руководитель группы: ст. научный сотр. Шахпаронов Михаил Иванович, тел. 330-65-56 и 330-64-56

24.  Группа синтетических вакцин

          Руководитель группы: ст. научный сотр. Вольпина Ольга Марковна, тел.336-57-77

25.  Группа экспрессии белковых факторов роста и дифференцировки

           Руководитель группы: ст. научный сотр. Фролова Елена Ивановна, тел. 330-66-56

26.    Группа трансгеноза

           Руководитель группы: ст. научный сотр. Ларионов Олег Алексеевич, тел. 330-64-65

27.  Группа молекулярных основ эмбриогенеза

           Руководитель группы: ст. научный сотр. Зарайский Андрей Георгиевич, тел. 336-36-22

28.  Группа органического синтеза

            Руководитель группы: профессор Формановский Андрей Альфредович, тел. 335-39-30

29.  Группа механизмов генной экспрессии.

            Руководитель группы:  д.б.н. Шпаковский Георгий Вячеславович, тел. 330-65-83

30.  Отдел иммунологии

            Руководитель отдела: академик РАН Петров Рэм Викторович

31.  Лаборатория медиаторов иммунной системы

            Заведующий лабораторией: профессор Михайлова Августа Алексеевна, тел.330-72-10


 
© 2001-2006 Moscow Institute of Physics and Technology (State University)
Developing: Center of Pre-University Education «Phystech-Center».
Site created with ARP-technology
Рейтинг сайтов  Arp.site